現有全國重點實驗室和國家工程實驗室各1個、教育部重點實驗室2個、教育部工程研究中心6個、教育部哲學社會科學實驗室（試點）1個、國家地方聯合工程研究中心3個、國家地方聯合工程實驗室1個、國家國際科技合作基地（示范型）2個，教育部“111”創新引智基地5個。
| 科研基地名稱 | 主管單位 |
| 全國重點實驗室、國家工程實驗室（共建） | |
| 電能高效高質轉化全國重點實驗室 | 科技部 |
| 特種顯示技術國家工程實驗室 | 國家發改委 |
| 國家地方聯合工程研究中心（工程實驗室） | |
| 汽車技術與裝備國家地方聯合工程研究中心 | 國家發改委 |
| 智能決策與信息系統技術國家地方聯合工程研究中心 | 國家發改委 |
| 有色金屬與加工技術國家地方聯合工程研究中心 | 國家發改委 |
| 可再生能源接入電網技術國家地方聯合工程實驗室 | 國家發改委 |
| 國家國際科技合作基地（示范型） | |
| 智慧養老國際科技合作基地 | 科技部 |
| 先進能源與環境材料國際科技合作基地 | 科技部 |
| 教育部重點實驗室、工程研究中心、網上合作研究中心、省部共建協同創新中心 | |
| 過程優化與智能決策教育部重點實驗室 | 教育部 |
| 大數據知識工程教育部重點實驗室 | 教育部 |
| 光伏系統教育部工程研究中心 | 教育部 |
| 農產品生物化工教育部工程研究中心 | 教育部 |
| 安全關鍵工業測控技術教育部工程研究中心 | 教育部 |
| 智能決策與信息系統技術教育部工程研究中心 | 教育部 |
| 高性能銅合金材料及成形加工教育部工程研究中心 | 教育部 |
| 水泥基材料低碳技術與裝備教育部工程研究中心 | 教育部 |
| 教育部IC設計網上合作研究中心 | 教育部 |
| 教育部應用物理網上合作研究中心 | 教育部 |
| 安徽省新能源汽車省部共建協同創新中心 | 教育部 |
| 安徽省教育廳 | |
| 部門及行業協會和安徽省重點實驗室、工程（技術）研究中心、國際科技合作基地、研究院 | |
| 高性能銅合金材料及成形機械工業重點（工程）實驗室 | 機械工業協會 |
| 機械工業綠色設計與制造重點實驗室 | 機械工業協會 |
| 智能互聯系統安徽省實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 安徽省汽車技術與裝備工程研究中心 | 安徽省發改委 |
| 安徽省信息處理與信息系統工程研究中心 | 安徽省發改委 |
| 安徽省水泥基材料低碳技術工程研究中心 | 安徽省發改委 |
| 安徽省智慧交通車路協同工程研究中心 | 安徽省發改委 |
| 安徽省專用系統芯片集成技術工程研究中心 | 安徽省發改委 |
| 安徽省空天系統智能管理工程研究中心 | 安徽省發改委 |
| 安徽省工業廢水處理與資源化工程研究中心 | 安徽省發改委 |
| 安徽省可再生能源及工業節能工程實驗室 | 安徽省發改委 |
| 安徽省有色金屬材料與加工工程實驗室 | 安徽省發改委 |
| 安徽省智能汽車工程研究中心 | 安徽省發改委 |
| 安徽省道路與橋梁檢測工程研究中心 | 安徽省發改委 |
| 安徽省農村水環境治理與水資源利用工程研究中心 | 安徽省發改委 |
| 安徽省智能數控技術及裝備工程實驗室 | 安徽省發改委 |
| 安徽省城市風貌與空間環境更新技術工程研究中心 | 安徽省發改委 |
| 安徽省柔性智能材料創制與應用工程研究中心 | 安徽省發改委 |
| 安徽省半導體制造檢測技術與儀器工程研究中心 | 安徽省發改委 |
| 農產品現代加工安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 新能源利用與節能安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 土木工程結構與材料安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 數字化設計與制造安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 情感計算及先進智能機器安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 先進功能材料與器件安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 高值催化轉化與反應工程安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 工業安全與應急技術安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 航空結構件成形制造與裝備安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 測量理論與精密儀器安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 自動駕駛汽車安全技術安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 徽州古村落數字化保護與傳承創意安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 功率半導體封裝與可靠性安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 動物源食品綠色制造與資源挖掘安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 機電產品低碳循環利用技術與裝備安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 戰略性礦產資源深部探測與評價利用安徽省重點實驗室 | 安徽省科技廳 |
| 汽車NVH安徽省工程技術研究中心 | 安徽省科技廳 |
| 微電子機械系統安徽省工程技術研究中心 | 安徽省科技廳 |
| 粉末冶金安徽省工程技術研究中心 | 安徽省科技廳 |
| 礦產資源與礦山環境安徽省工程技術研究中心 | 安徽省科技廳 |
| 農產品生物化工安徽省工程技術研究中心 | 安徽省科技廳 |
| 安徽省先進能源材料國際科技合作基地 | 安徽省科技廳 |
| 安徽省氫安全國際科技合作基地 | 安徽省科技廳 |
| 安徽省成礦理論與找礦預測國際聯合研究中心 | 安徽省科技廳 |
| 安徽省重大疾病代謝疾病和營養干預示范型國際科技合作基地 | 安徽省科技廳 |
| 可控化學與材料化工安徽省高等學校重點實驗室 | 安徽省教育廳 |
| 現代測試與制造質量工程安徽省高等學校重點實驗室 | 安徽省教育廳 |
| 納米礦物與污染控制安徽省高等學校重點實驗室 | 安徽省教育廳 |
| 重大疾病代謝及營養調控安徽省高等學校重點實驗室 | 安徽省教育廳 |
| 工業自動化安徽省工程技術研究中心 | 安徽省教育廳 |
| 土木工程防災減災安徽省工程技術研究中心 | 安徽省教育廳 |
| 安徽省徽派建筑研究院 | 安徽省住建廳 |
| 人文社會科學重點研究基地 | |
| 數據科學與智慧社會治理實驗室（試點） | 教育部 |
| 網絡空間行為與管理安徽省哲學社會科學重點實驗室 | 安徽省委宣傳部 |
| 數字經濟與智慧企業管理安徽省哲學社會科學重點實驗室 | 安徽省委宣傳部 |
| 能源環境智慧管理與綠色低碳發展安徽省哲學社會科學重點實驗室 | 安徽省委宣傳部 |
| 安徽省中國特色社會主義理論體系研究基地 | 安徽省委宣傳部 |
| 合肥工業大學安徽科技與產業發展研究院（智庫） | 安徽省委宣傳部 |
| 產業轉移與創新發展研究中心 | 安徽省教育廳 |
| 工業信息與經濟研究中心 | 安徽省教育廳 |
| 現代科技發展與馬克思主義理論研究中心 | 安徽省教育廳 |
